Als Zuchtziel wird die Verbesserung der Wirtschaftlichkeit der Milch- und Fleischproduktion unter den gegebenen wirtschaftlichen und natürlichen Rahmenbedingungen angestrebt.

Diese Zielsetzung wird am effizientesten durch Selektion auf der Basis des Ökonomischen Gesamtzuchtwertes (GZW) erreicht. Der GZW umfasst die Merkmale Milch : Fleisch : Fitness = 38 : 17 : 46 (gerundet). Bei der Beschreibung der Zuchtwertschätzung wird auf die Einzelmerkmale und deren Gewichtung hingewiesen. Durch Selektion nach dem ökonomischen Gesamtzuchtwert kann ein monetärer Zuchtfortschritt im Verhältnis Milch 81 % : Fleisch 9 % : Fitness 10 % erzielt werden.

Die österreichische Fleckviehzucht strebt ein Doppelnutzungsrind mit den Leistungsmerkmalen Milch, Fleisch und Fitness an. Die reifen Kühe sollen etwa 140 – 146 cm am Stockmaß, ca. 700– 800 kg Gewicht, gutes Format, vorzügliche Euter, hohe Leistungssicherheit und Laktationsleistungen von mindestens 7.000 kg Milch, 4 % Fett und 3,4 % Eiweiß aufweisen. Bei den ausgewachsenen Stieren wird gute Bemuskelung, ein Widerristmaß von 155–160 cm und ein Gewicht von 1.100 – 1.200 kg bei ebenfalls korrektem Format gewünscht.

Die Umsetzung der Zuchtprogrammschritte erfolgt in enger Zusammenarbeit mit den 11 Zuchtverbänden, den 6 Besamungsstationen und deren Vereinigung "Genetic Austria",  der Rassenarbeitsgemeinschaft und der ZuchtData GmbH. Aus dem folgenden Zuchtprogramm-Ablaufschema können die einzelnen Selektionsschritte entnommen werden.